Par Isabelle Clerc, membre de l’équipe des Écologistes du Midwest

« Nous envahissons les forêts tropicales et autres paysages sauvages, qui abritent tant d’espèces animales et végétales et au sein de ces créatures, tant de virus inconnus. Nous coupons les arbres ; nous tuons les animaux ou les envoyons sur des marchés. Nous perturbons les écosystèmes et débarrassons les virus de leurs hôtes naturels. Lorsque cela se produit, ils ont besoin d’un nouvel hôte. Souvent, cet hôte, c’est nous. »

C’est ainsi que l’écrivain américain David Quammen résume dans un article paru récemment dans le New York Times [1] pourquoi nous sommes en grande partie responsables de la pandémie de COVID-19.

Je suis sûre que, tout comme moi, vous vous êtes posé cette question: pourquoi observons-nous l’apparition de plus en plus de maladies émergentes? Quels sont les facteurs majeurs en cause dans l’expérience étrange que nous vivons depuis près d’un an ? Je vais tenter de vous en expliquer les raisons principales dans les lignes suivantes.

Cela peut surprendre, mais même si la pandémie actuelle était pour grand nombre de personnes inimaginable, les chercheurs savaient qu’une menace de cet ordre était inéluctable [2]. Seules inconnues, le moment et le nombre de personnes touchées. En effet, depuis un demi-siècle le nombre de zoonoses (maladies qui lient espèces sauvages, animaux domestiques et humains) est en constante augmentation. D’après l’Organisation Mondiale de la Sante, 60% des maladies infectieuses sont zoonotiques. Grippe espagnole, grippe asiatique, grippe de Hong Kong et SIDA comptent parmi les épidémies zoonotiques du siècle dernier. Et en à peine 20 ans de ce nouveau siècle nous avons déjà dû faire face à Ebola, la grippe A, le SRAS, le MERS, la grippe aviaire, et maintenant la COVID-19 [3].

A l’origine de ces pandémies zoonotiques, il y a un toujours un « hôte réservoir » (pour le plus souvent un mammifère). Le virus se multiplie au sein de cet hôte, mais ce dernier parvient au cours du temps à contrôler le virus de telle sorte qu’il ne leur cause aucun mal. On estime que les 5 400 espèces de mammifères hébergent quelque 460 000 espèces de virus, dont l’immense majorité reste à décrire. C’est vous dire si nous ne connaissons finalement que très peu les différentes espèces virales présentes sur Terre. 

Plusieurs espèces dites « réservoirs » sont à l’origine de plusieurs pandémies : La fièvre de Lassa a pour origine un virus porté par les rongeurs, l’épidémie de SIDA le chimpanzé, le Chikungunya le moustique tigre du genre Aedes, parmi tant d’autres [4]. Au cours du temps et à force de contacts répétés avec le virus, le réservoir développe des mécanismes de défense (dits « immunitaires ») lui permettant d’abriter le virus tout en contrôlant sa croissance tandis que de son côté, le virus évolue de manière à ne pas tuer son hôte (il y perdrait tout intérêt, puisqu’il disparaîtrait par la même occasion). Cette co-adaptation prend du temps sur l’échelle évolutive. L’humain, jamais en contact avec ces virus auparavant, n’a pas eu le temps, lui, d’adapter de réponse efficace (ni les virus d’être moins virulents afin de ne pas tuer l’Humain), avec pour conséquence des ravages mortels sur la population humaine [5]. Très rarement, la transmission du virus s’opère directement de l’animal réservoir à l’homme (dans ce cas, le virus présent dans le réservoir possède déjà les caractéristiques nécessaires pour infecter aussi les cellules humaines), mais dans la majeure partie des cas le virus « saute » d’un réservoir à une ou plusieurs autres espèces, s’adaptant à chacune d’elle jusqu’à nous atteindre nous ; on parle alors d’hôtes intermédiaires. 

Dans le cas de l’épidémie de COVID-19 actuelle, tous les regards se tournent vers la chauve-souris, et à juste raison. Les chauves-souris, déjà mises en cause dans l’apparition d’Ebola et de l’épidémie de SARS et MERS, sont la source la plus importante de virus chez les mammifères [6]. Elles ont colonisé presque tous les coins du monde, sauf les régions polaires et certaines îles océaniques isolées. Ne possédant que très peu de prédateurs naturels, elles vivent particulièrement longtemps par rapport à leur taille et forment d’immenses colonies de centaines d’individus de différentes espèces, le tout favorisant brassage et diffusion des virus au sein même des colonies. Du fait d’être le seul mammifère volant, elles ont développé des caractéristiques métaboliques uniques au sein du règne animal. Ces dernières leurs permettraient in fine de contrôler l’importante inflammation induite suite à la reconnaissance du virus par leur puissant système immunitaire, et donc de pouvoir « héberger » et contrôler en leur sein différentes espèces de virus sans pour autant en être dérangées [7].

Dans le cas de l’épidémie de SARS par exemple, la chauve-souris tient lieu de réservoir et l’hôte intermédiaire est la civette, animal sauvage consommé sous forme de soupes que l’on trouve dans les marches d’animaux vivants très populaires en Chine. S’agissant du MERS, les camélidés ont été clairement identifiés comme hôte intermédiaire. A ce jour, il semble acquis que le réservoir naturel du nouveau coronavirus est une espèce de chauve-souris dont l’aire de répartition recouvre le sud de la Chine ou l’Inde. Sars-CoV-2 (le virus responsable de l’épidémie actuelle de COVID-19) possède en effet plus de 96% de ressemblance avec un coronavirus appele RaTG13 retrouvé chez la chauve-souris Rhinolophus affinis, faisant d’elle le principal suspect en tant que réservoir, et une très faible portion du virus présente une homologie avec un coronavirus retrouvé chez le pangolin, faisant de ce dernier le probable suspect’ en tant qu’hôte intermédiaire du virus lors des premiers mois de la pandémie [8, 9, 16]. Depuis, le pangolin semble avoir été mis hors de cause, et l’animal cense avoir joué le rôle de tremplin demeure introuvable (Aujourd’hui, le SARS-CoV-2 demeure donc introuvable dans la nature. Mais absence de preuve n’est pas preuve d’absence : identifier formellement les hôtes naturels d’un virus peut s’avérer bien plus compliqué que chercher une aiguille dans une botte de foin).

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Une colonie de Rhinolophis affinis

Il faut bien comprendre que la biodiversité sert de paravent entre nous et les organismes réservoir comme la chauve-souris. En effet, la présence d’un grand nombre d’hôtes intermédiaires entre le réservoir et l’Homme diminue d’autant plus les chances que le virus arrive jusqu’à nous. La destruction de la biodiversité par les activités humaines augmente donc drastiquement les chances de ce virus d’atteindre l’Homme en raccourcissant la chaine d’hôtes intermédiaires, en faisant l’une des causes principales dans l’apparition des nouvelles pandémies.

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La consommation et l’import/export d’animaux dits sauvages ou exotiques ne sont également bien sûr pas étrangers à ce que nous vivons actuellement. Les espèces exotiques (comme la civette palmiste, vecteur du SARS-CoV1) sont chassées pour la consommation de leur viande ou encore leur utilisation dans la médecine traditionnelle chinoise. Leur commerce au sein de marchés d’animaux vivants dans les grands centres urbains, où la population est très dense, représente un danger imminent comme le disait le docteur Vincent Chang dans un article d’importance paru juste après l’épidémie de SRAS en 2007 : « La présence d’un réservoir important de virus de type SARS-CoV dans les chauves-souris Rhinolophidae combinée avec l’élevage pour la consommation de mammifères exotiques dans le sud de la Chine est une bombe à retardement » [2]. Les derniers mois nous ont prouvé qu’il avait malheureusement raison.

En plus d’éliminer une partie de la biodiversité, nous provoquons aussi son déplacement. Depuis les débuts de l’ère industrielle, l’Homme a asséché plus de 85% des zones humides naturelles. Il a également rasé plus de 100 millions d’hectares de forêt tropicale rien qu’entre 1980 et 2000 [10]. Nous modifions ou supprimons les écosystèmes par la transformation des forêts en plantations industrielles ou encore pour l’élevage intensif d’animaux de consommation.  Ce dernier occupe des territoires de plus en plus grands, avec un nombre de têtes de bétail de plus en plus important, à tel point que la biomasse totale des mammifères et des oiseaux « sauvages » ne représente dorénavant plus que 6% de la biomasse cumulée des humains et de leurs animaux d’élevage [11]. En plus d’éliminer un grand nombre d’animaux sauvages en détruisant leur habitat naturel (le fameux « paravent » cité plus haut), nous les déplaçons au plus proche des hommes.  Par exemple, Une chauve-souris dont l’habitat naturel a disparu va devoir se rapprocher des villes/villages occupés par l’homme où la nourriture lui est facilement accessible. Il est alors extrêmement facile pour un humain ou un animal d’élevage/de compagnie d’acquérir le virus suite à un contact avec des excrétions contaminées de chauve-souris. En temps normal, ces espèces n’auraient jamais dû se rencontrer. 

C’est le cas pour le virus Nipah, originellement hébergé par des chauve-souris frugivores vivant habituellement dans les forêts tropicales de Malaisie. L’abattage de ces dernières pour la culture de l’huile de palme a entrainé la disparition d’espèces intermédiaires et déplacé les chauves-souris sur les plantations de manguier, seconde source de revenu pour les éleveurs porcins de la région. Les chauve-souris et leur secrétions (salive, urine, excréments) se retrouvent donc au contact des porcs, facilitant la transmission du virus de la chauve-souris au porc. Le virus s’est si bien propagé entre les animaux d’élevage que plus d’un million de porcs ont été abattus entre 1998 et 2000. Le porc faisant dans ce cas-là office d’hôte intermédiaire, il a été extrêmement facile pour le virus de « sauter » à l’homme, provoquant des centaines de cas d’encéphalite mortelles [12]. 

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A la crise de la biodiversité s’ajoutent les importants bouleversements climatiques que subit notre planète depuis le siècle dernier. En effet, les cycles de développement des pathogènes et de leurs vecteurs sont directement affectés par le climat : l’hygrométrie, de même que les modifications des températures moyennes peuvent modifier leur survie et leur localisation. Par exemple, dengue et zika, autrefois réservés aux climats tropicaux, sont apparus dans le sud de la France ces dernières années. Au début via des cas importés d’autres régions comme La Réunion, dorénavant via des cas dits « autochtones », c’est-à-dire ayant pour origine le territoire métropolitain [13]. L’explication ? Le climat de plus en plus chaud se prêtant parfaitement à l’expansion dans le sud de la France du moustique tigre, vecteur de ces deux maladies, autrefois absent de notre territoire car bien trop frileux. Il est intéressant de noter que le moustique tigre, originaire du Sud-Est asiatique qu’il n’aurait jamais dû quitter, a pu se répandre sur le globe grâce au commerce international de pneus usagés, dans lesquels il aime pondre ses larves. Ironiquement, ces mêmes pneus, extrêmement polluants à la fabrication et équipant des engins motorisés eux-mêmes polluants, participent aussi au changement climatique. La mondialisation, l’une des causes majeures de la crise climatique, peut donc à elle seule faire émerger deux lourdes maladies qui n’auraient jamais dû apparaitre en France

Loin d’être en reste, les Etats-Unis ont aussi dû faire face ces dernières années à l’émergence de nouvelles maladies. Parmi elles, le HPS (Hantavirus Cardiopulmonary Syndrome), une pathologie provoquée par un hantavirus, hôte habituel des petits rongeurs et insectivores. Dans ce cas, c’est la combinaison de la crise de la biodiversité et du changement climatique qui est en cause. Les populations de prédateurs ont été fortement diminuées à la suite de sècheresses successives, avec pour conséquence une augmentation des populations de rongeurs. S’ajoutent par la suite d’importantes et inhabituelles précipitations qui ont alors augmenté leurs sources d’alimentation disponibles (insectes et noix), entrainant d’autant plus l’augmentation de leur nombre et donc la possibilité de transmission du virus à l’homme par contact avec leurs excréments ou leur salive. Par exemple, il a été démontré que l’émergence de cas d’HPS en 1997 et 1998 aux Etats Unis est directement liée à deux hivers doux et humides associés aux perturbations d’El Nino et à une augmentation de 20 fois de la population de rongeurs en Arizona, Nouveau Mexique et Colorado [14, 15]. 

Enfin, que dire du rôle des moyens de transport ? Notre course effrénée à la mondialisation nous pousse à bouger toujours plus vite, toujours plus loin. En plus de la population engendrée par nos déplacements, nous permettons aux agents pathogènes émergents, jusqu’alors cantonnés à leur zone d’apparition géographique, de voyager avec nous et de transformer ce qui auparavant étaient des épidémies contenues localement en pandémies mondiales.

Vous l’aurez compris, si nous ne changeons pas dramatiquement notre rapport à la nature, si nous ne protégeons pas la biodiversité, si nous ne modifions pas nos modes d’alimentation, nous courons droit à de nouvelles catastrophes sanitaires. Des travaux scientifiques montrent une relation directe entre toutes ces menaces et la multiplication des zoonoses, et nous continuons à ignorer les avertissements. Favorisant jusqu’à maintenant la création de profit et le commerce global au détriment de la biodiversité et du circuit local, nous sommes confrontés aux conséquences de nos destructions, résultant de nos choix économiques et politiques.  L’épidémie de COVID-19 est l’occasion pour les gouvernements de changer le cours de l’Histoire en prenant des décisions ambitieuses afin de créer un « monde d’après ». D’autres choix sont indispensables pour la survie de notre espèce autant que pour la préservation des milieux naturels.

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Bibliographie Scientifique

  1. Quammen, D., We Made the Coronavirus Epidemic. The New York Times, 2019.
  2. Cheng, V.C., et al., Severe acute respiratory syndrome coronavirus as an agent of emerging and reemerging infection. Clin Microbiol Rev, 2007. 20(4): p. 660-94.
  3. WHO, Disease outbreaks.
  4. WHO, Vector-borne diseases.
  5. Taubenberger, J.K. and J.C. Kash, Influenza virus evolution, host adaptation, and pandemic formation. Cell Host Microbe, 2010. 7(6): p. 440-51.
  6. Calisher, C.H., et al., Bats: important reservoir hosts of emerging viruses. Clin Microbiol Rev, 2006. 19(3): p. 531-45.
  7. Brook, C.E., et al., Accelerated viral dynamics in bat cell lines, with implications for zoonotic emergence. Elife, 2020. 9.
  8. Zhang, T., Q. Wu, and Z. Zhang, Probable Pangolin Origin of SARS-CoV-2 Associated with the COVID-19 Outbreak. Curr Biol, 2020. 30(7): p. 1346-1351 e2.
  9. Zhou, P., et al., A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. Nature, 2020. 579(7798): p. 270-273.
  10. IPBES, Global Assessment Report on Biodiversity and Ecosystem Services.
  11. Bar-On, Y.M., R. Phillips, and R. Milo, The biomass distribution on Earth. Proc Natl Acad Sci U S A, 2018. 115(25): p. 6506-6511.
  12. Pulliam, J.R., et al., Agricultural intensification, priming for persistence and the emergence of Nipah virus: a lethal bat-borne zoonosis. J R Soc Interface, 2012. 9(66): p. 89-101.
  13. France, S.P., Chikungunya, dengue et zika – Données de la surveillance renforcée en France métropolitaine en 2019.
  14. Bonn, D., Hantaviruses: an emerging threat to human health? Lancet, 1998. 352(9131): p. 886.
  15. WHO, El Niño and Health. 1999.

Conseils lecture vulgarisation (en Français) :